Das medizinische Leistungsspektrum des AKH wird durch seine Zentren ergänzt. Das sind Einrichtungen, in denen Ärzte verschiedener Kliniken und Abteilungen mit Mitarbeitern der Institute und Labors sowie mit niedergelassenen Ärzten eng zusammenarbeiten. 

Mit den Zentren „Darmzentrum“, „Endometriosezentrum“, „Brustzentrum“, „Traumazentrum” und  „Perinatalzentrum Level 1“  bietet das AKH dem Patienten eine spezielle, auf die Erkrankung gerichtete medizinische Versorgung an. Eine gute Betreuungsqualität und fachübergreifendes Behandeln bilden die zentralen Qualitätsmerkmale.